Как только заходите на станцию обращайте внимание на направления и следуйте указателям. Когда вы строите маршрут в Гугл картах то возле названия линии показано направление, в какую сторону вам нужно сесть. Если его нет на указателях , то написаны станции которые вы будете проезжать по тому или иному направлению. Стоит обращать внимание на все указатели при входе, так как в отличии от нашего метрополитена, когда вы уже окажитесь на платформе указателей уже может и не быть (не всегда, но бывает).

Каждая линия подсвечена символом со своим цветом, поэтому даже визуально вы не перепутаете (но будьте аккуратны с красной и фиолетовой линией, смотрите на направление)

Сканирование проездного при входе и выходе и тут тоже все просто: проходите только через те турникеты, которые окрашены в цвет вашего оператора. То есть если вы собираетесь ехать по Зеленой JR линии то проходите только через зеленые турникеты на входе и выходе.

У некоторых линий метрополитена разные операторы. Tokyo Metro, Toei, JR. Это означает, что иногда когда вам нужно совершить пересадку на линию другого оператора вы должны пройти через турникеты покидая одну ветку и еще раз пересаживаясь на другую. Но не переживайте. Если средняя стоимость поездки 240 йен то при пересадке у вас не спишется еще 240 чтобы пройти на другую линию а спишет около 30йен. Но если у линий один оператор то при переходе вам не нужно снова проходить через турникеты (всегда следуйте за указатели и не ошибетесь).
Так же как правило, когда мы открываем схему токийского метрополитена, то можем видеть линии только одного (JR) или двух операторов (Tokyo Metro и Toei). Поэтому лучше туда вообще не смотреть, а довериться Гугл картам для поиска оптимального маршрута.

Они прекрасно справляются с построением любого маршрута внутри Японии, в том числе и с метро. Настолько подробно, что даже покажут, в какой вагон лучше садиться. А если это обычные поезда то подскажет, какой ближайший поезд с какой платформы следует в нужном вам направлении и итоговую стоимость поездки.